由于胃肠道的异位胰腺可以通过消化液分泌胰蛋白酶，消化胃和肠粘膜形成溃疡，位于粘膜下的异位胰腺压迫上粘膜，引起粘膜萎缩，继而发生溃疡。若是异位胰腺位于胃肠道粘膜下层，粘膜可局部肿大，在肌层，胃壁或肠壁增厚，容易被误诊为消化道肿瘤，异位胰腺组织会发展成胰岛素瘤，引起低血糖，恶性时会出现胰腺癌。