性功能障碍的原因有很多，分为功能性和器质性。功能性功能障碍占绝大多数，表现为大脑皮质功能障碍通常是由异常的性习惯（自慰性交过度等）和异常的精神状态（恐惧、紧张和疲劳等）引起的。很少有阴茎勃起和射精中枢功能障碍或慢性炎引起的脊髓损伤。