核磁共振检查两个膝盖通常需要分别收费。核磁共振检查费用一般按检查部位计算，双膝属于两个独立检查部位，多数医疗机构会收取两次费用。

核磁共振检查费用主要与检查部位数量相关。单侧膝关节检查包含扫描、影像分析和报告撰写等流程，双侧检查需重复完整操作流程，设备耗材和人工成本相应增加。公立医院执行政府指导价，双膝检查费用约为单侧费用的1.5-2倍。私立机构可能采用叠加计费方式，但具体标准需以当地医疗机构公示为准。检查前建议通过医院收费窗口或预约系统确认详细计价规则，部分医保政策可对多部位检查费用进行比例报销。

进行双膝核磁共振检查前，可携带既往影像资料协助诊断对比，避免重复检查。检查后保持膝关节制动休息，24小时内避免剧烈运动。若检查结果显示异常，建议携带报告至骨科或风湿免疫科专科就诊，必要时配合X线或CT等进一步检查明确病情。