三个月宝宝频繁摇头可能由生理性因素或病理性因素引起，常见原因包括耳部不适、皮肤瘙痒、神经系统发育不完善或维生素D缺乏。

1、耳部不适

宝宝可能因耳道分泌物堆积或轻微感染导致耳部不适，表现为摇头动作。可用棉球轻柔清洁外耳道，避免掏挖耳道深处。若伴随哭闹或抓耳，需就医排除中耳炎。

2、皮肤瘙痒

头部湿疹、痱子或衣物摩擦可能引起瘙痒。保持头皮清洁干燥，选择纯棉透气衣物，必要时遵医嘱使用弱效激素药膏如氢化可的松乳膏。

3、神经发育

婴儿神经系统发育过程中可能出现不自主摇头，属正常现象。可通过俯卧抬头训练促进运动发育，通常4-6个月后逐渐消失。

4、维生素D缺乏

早期佝偻病可能导致神经肌肉兴奋性增高。建议每日补充维生素D3 400IU，多进行户外日光浴，若伴随多汗、枕秃需检测血钙磷水平。

家长需注意观察是否伴随发热、食欲减退等症状，避免过度包裹衣物，定期进行儿童保健体检。哺乳期母亲可适当增加富含维生素D的食物如鱼类、蛋黄。