有观察表明，男性淋菌性尿道炎常合并沙眼衣原体感染;衣原体是介于细菌与病毒之间的细胞内寄生微生物，衣原体引起的尿道炎是非淋菌性尿道炎的主要原因，临床表现同淋菌性尿道炎相似，但较淋菌性尿道炎轻。
如果怀疑得了淋病而不作病原体检查，说是否合并有沙眼衣原体感染，仅治疗淋病，往往难以取得效果。
病原体检查其实很简单，只要将分泌物经染色涂片进行显微镜检查即可。如果想明确淋病是否合并有沙眼衣原体感染，则应检测患者尿道上皮细胞有无衣原体包涵体，或行衣原体培养。
国外性病专家认为，男性尿道炎者均应同时进行淋球菌及沙眼衣原体检测，如果没有条件进行检测，则应同时进行治疗，以免遗漏，转成慢性或发生更多合并症。
淋球菌对治疗药物有抗药性是淋病难以治愈的另一原因。目前世界上已经发现有对喹诺酮类药物耐药的淋球菌，这种细菌在世界许多地方都有流行，近年在亚洲也有蔓延的趋势。对青酶素及四环素等抗生素耐药的淋球菌则更多。如果治疗用这些已被耐受的药物，效果当然不好。
感染淋球菌后，细菌会由浅入深、由表及里逐渐侵入。如果治疗及时合理，会比较容易将细菌清除。如果治疗不及时，细菌很容易上行，一般在感染2周后可以侵入后尿道，病人开始出现尿频、憋不住尿等现象，之后，淋菌可以侵入前列腺、精囊、附睾及膀胱等处，引起炎症。
由于淋球菌侵入的这些器官，药物均难以到达，所以治疗效果也就差了。
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