肉芽肿性前列腺炎在临床上，按病因分类可分为4大类，分别是：
1非特异性肉芽肿性前列腺炎，大约占肉芽肿性前列腺炎的70%，常常继发于近期的尿路感染。
2经尿道术后或针吸活检术后发生的肉芽肿性前列腺炎，大约占肉芽肿性前列腺炎的24%，包括经尿道前列腺电切术(TURP)和经尿道膀胱肿瘤电切术(TURBt)，大约有一半的患者可在手术后6个月内发病。
3特异性肉芽肿性前列腺炎，约占肉芽肿性前列腺炎的3%，病原微生物包括细菌、结核菌、布氏杆菌、梅毒螺旋体、病毒及霉菌等，其中膀胱肿瘤电切术后灌注卡介苗并发肉芽肿性前列腺炎受到广泛重视，其发生率约为0.9%～1.3%，仅次于膀胱炎和发热的发病率。
4系统性肉芽肿病，约占肉芽肿性前列腺炎的3%，它是累及全身多器官的肉芽肿性疾病在前列腺的局部表现。
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