尖锐湿疣的初期，患者往往没有不适感觉，不能引起患者的足够重视。但是如果治疗不及时，则可引起以下并发症：
溃疡、出血：皮损增大、增多后，可引起局部的异物和不适感。
由于发病的部位多在包皮内、尿道口、阴唇、阴道内、肛周等，这些部位容易受微生物感染，导致病变部位的溃疡、化脓、出血、疼痛和肿胀。
传染婴儿，影响生育质量：患尖锐湿疣的孕妇，在分娩时，通过产道的婴儿可能被传染，引起婴幼儿的HPV感染。
非生殖器部位的感染：通过直接接触或被与污染的物品的间接接触，可以导致眼结膜的乳头状瘤和口腔黏膜的乳头状瘤。
癌变：恶性肿瘤是尖锐湿疣最严重的并发症。HPV-16，18型感染后，如果治疗不及时，5%~10%的外阴、宫颈、肛周湿疣经过较长时期后可出现癌变，在将来很可能导致阴茎癌、宫颈癌等恶性肿瘤。早期彻底治疗是预防尖锐湿疣癌变的最有效方法。
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