祖国医学认为尖锐湿疣发生的主要病因病机是由于房事不洁或间接接触污秽之物品，湿热淫毒从外侵入外阴皮肤黏膜，导致肝经郁热，气血不和，湿热毒邪搏结而成臊疣。
由于湿毒为阴邪，其性黏滞，缠绵难去，容易耗伤正气。中医不但认识到尖锐湿疣的传染性，而且认识到尖锐湿疣患者的体质，内因和外因相互作用才发生疾病。
房事不洁：男女婚外性生活或性滥交或多个性伴侣是导致尖锐湿疣发生的主要原因。由于不洁的性生活，容易从外感受湿热淫毒之邪，病邪由外阴皮肤黏膜侵入机体，引起肝经下焦湿热郁阻，气血不和。湿热毒邪搏结聚于外阴皮肤腠理而成臊疣。
间接接触污秽之物：尖锐湿疣亦可由于外阴皮肤黏膜接触了有病邪的污秽之物品而感染。
例如有病邪的浴巾、浴缸、内衣裤、医疗用品等。
正虚邪恋：由于湿毒之邪为阴邪，其性粘滞，侵入机体后缠绵难去，且易耗伤正气，以致正虚邪恋。外阴皮肤黏膜的尖锐湿疣容易复发，难以根除。
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