虽然确切的遗传基因并不清楚，但是目前认为多囊卵巢综合征(PCOS)是一种多基因遗传性疾病，需要长期服用药物来控制。如果能够在医生的指导下使病情得到很好的控制，那么PCOS患者就和正常人没有什么差异。
如果多囊卵巢综合征(PCOS)没有得到很好的控制，疾病就会进行性发展，病情越来越重。远期并发症主要有两个，一个是代谢综合征，包括糖代谢和脂代谢的异常，糖代谢异常必然会导致糖尿病，而脂代谢异常则可引发很多问题，如血脂异常、冠心病、脑血管疾病等;另一个是子宫内膜癌，多发于40岁以上的妇女。
此外，多囊卵巢综合征引起的另一个问题就是由于不排卵造成的不育。多囊卵巢综合征患者若长期无排卵，雌激素长期作用于子宫内膜，可导致子宫内膜增生过长(增殖症)，甚至子宫内膜癌。有的患者排卵非常困难，而且病情顽固，难以进行促排卵治疗，所以对这类患者的不孕治疗也是一个世界性的难题。
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