膀胱灌注治疗对部分间质性膀胱炎患者有效，往往和膀胱扩张术同时进行，虽然目前尚无统一的膀胱内灌注药物指南。但已有一些药物被临床应用治疗间质性膀胱炎。
(1)二甲基亚砜：二甲基亚砜膀胱内灌注给药是FDA批准的第一个用于间质性膀胱炎的药物，它可以不破坏膜而渗透到细胞膜内，增加药物吸收(类固醇)，达到局部抗炎、止痛，促进胶原裂解，抑菌和舒张血管等作用。
但用后24～48小时内口腔会有大蒜味。
(2)肝素：也是一种葡萄糖胺聚糖，皮下或者膀胱内给药。分子量较大，由于膀胱内局部用药，组织吸收少，可以减少全身的抗凝和骨质疏松等副作用，而其局部抗炎和抑制膀胱挛缩的作用则得以应用。
(3)卡介苗(BCG)：抑制T淋巴细胞的作用，膀胱内给药被证实对部分间质性膀胱炎患者有效。
(4)透明质酸：可以促进葡萄糖胺聚糖层的恢复，它对2/3的间质性膀胱炎患者有效，对间质性膀胱炎患者的疼痛和尿频有效，但减缓程度较轻。
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