结石性梗阻是肾结石引起的最常见和最严重的损害。梗阻部位常为肾盂输尿管连接部，即使只是部分性梗阻，也会造成肾功能的进行性损害。
肾结石可致泌尿系管腔内堵塞，进而造成梗阻部位以上的积水。结石性梗阻常为不完全性梗阻，有的结石表面有小沟，尿液可沿小沟通过；有时结石虽较大，甚至呈铸状结石，但尿仍能沿结石周围流出，也可能在长时间内不引起积水，肾盂壁纤维组织增生变厚时，则扩张表现不明显。
梗阻发生后，肾脏的血供开始重新分配，使髓质血流减少，导致肾小球的滤过功能和肾小管分泌功能降低。如果肾积水不断加重，可使肾脏实质发生萎缩，肾功能受损甚至消失，最后变成含有大量尿液的囊袋。完全梗阻的肾脏在未合并感染时，如果36小时内解除梗阻，肾单位的功能几乎可以完全恢复；2周以上者可恢复45%～50%；3~4周者为15%～30%；如果超过6周则很难恢复。部分柯阻的肾脏受到的损伤较轻，但同样会造成一些不可逆的病变。
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