关于偏头痛的病因病机，历代医家论述颇多。方药运用的临床实际是对偏头痛认识的最好途径。主要是在感受风邪、情志内伤、饮食不节、忧思劳累、久病致瘀的基础上造成肝脾肾等脏腑功能失调，风袭脑络、风阻内动、痰浊阻滞、瘀血阻络所致。
感受风邪在外感风寒暑湿燥火六淫中，风为之长，其他邪气都依附于风而令人发病。同时风为阳邪，其性轻扬，《素问·太阴阳明论》谓“伤于风者，上先受之”，“高巅之上，惟风可到”，而头为诸阳之会，位居高巅，三阳六腑清阳之气皆会于此，三阴五脏精华之血亦皆注于此。因此风邪易侵袭而致偏头痛。
情志内伤偏头痛的发生与情志因素也密切相关。中医认为“脑为髓之海”，主要依赖肝肾精血濡养，若情志不畅，肝气郁滞，气郁化火，阳亢生风，风阳上扰巅顶，则易发本病。
临床常可见到偏头痛患者因情志急愤而致病者，多与瘀血凝滞，阻滞脑窍有关。
饮食不节偏头痛发生与饮食习惯有一定的关系。若素体肥胖或嗜酒肥甘，恣欲无度，饮食不节，则可伤及脾胃，致脾胃虚弱，聚湿生痰。中医认为“百病皆因痰作祟”，痰随气而无处不到，脑为人体真气所聚之处，故痰极易凝滞于经络和脑脏，导致痰蒙脑窍或阻滞经络，引发偏头痛。
忧思劳累劳则耗气，思则伤脾，如果脾气运化无力，水湿停留必酿变痰浊，痰浊内阻，清阳不升，浊阴不降，邪害清窍则可引发偏头痛。
久病致瘀瘀血的产生主要与气有关，血液运行全身的动力是气，气行则血行，气滞则血瘀。脑为精明之府，不论何种原因导致的血液运行不畅，瘀血阻于脑府，闭塞脑脉，都会出现神机失畅，络道不通而出现偏头痛等表现。
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