甲亢患者经过药物治疗大多数能较好地控制病情，但有些情况比较特殊，不适合药物治疗的患者不妨考虑手术治疗。
适合手术治疗的情况包括：药物难以控制，或比较容易复发；甲状腺明显肿大，有压迫症状；在药物的治疗期间，甲状腺突然增大，怀疑有恶变可能；患者性格不稳定，难以坚持长期服药；患者宁愿受短期痛苦，以求得迅速治愈；患者家住偏远农村或山区，难以经常随诊和进行甲状腺功能检查；患者合并周期性麻痹，药物过敏的；还有的如异位甲状腺（如胸骨后甲状腺）、毒性结节性甲状腺肿、毒性甲状腺腺瘤、甲状腺癌或可疑甲状腺癌等。上述这些情况最好采用手术治疗。对于重度甲亢，或甲亢经半年到一年的药物正规治疗不能缓解，或停药后又复发者；对于甲亢合并中期妊娠者，也适合手术治疗。手术治疗效果迅速，治愈率可达９０％～９５％，复发率低。
但手术治疗也有缺点，就是有一定的手术死亡率（0.２％），以及某些手术并发症，还有可能在术后局部发生出血，手术中容易伤及喉返神经或喉上神经，影响发音。
若切除了甲状旁腺或影响其血液供应，则引起暂时性或永久性手足抽搐症。少数术前未妥善准备者可诱发甲亢危象少数病例可并发甲状腺功能减退症。因此，患者在术前，应对于手术的后果有足够了解和心理准备。有些患者对外科手术存有较大顾虑或恐惧心理，则应选择药物治疗或放射性碘疗法。
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