131碘治疗甲亢是一种较为简单的治疗方法，疗效肯定，多数无不良反应，少数可出现一些不良反应，一般可分为早期毒性反应和晚期并发症两种情况。
早期毒性反应指服药后2周内出现的反应。
全身反应以消化系统为主：患者会出现厌食、恶心、呕吐等，少数有皮肤瘙痒、皮疹、头晕、乏力等，对症治疗2~3日即可消失。
局部反应较多见：主要表现为甲状腺水肿及放射性甲状腺炎，病人颈部发痒，有膨胀及压迫感，甚至下咽疼痛或咳嗽，无需特殊治疗，数天或1周后逐渐消失。
严重者出现甲亢危象：在治疗最初2周内，部分病人可出现症状加重（基础代谢率及血清蛋白结合碘浓度升高），此时须卧床休息或应用一些镇静药及一些β受体阻滞药，即可逐渐好转。
个别严重病人会出现甲亢危象，表现为精神不安、高热、出汗、心跳加速等，甚至发生腹泻及昏迷症状，如不及时处理可危及生命。这是因为放射性损害使甲状腺滤泡遭受破坏，大量甲状腺激素入血或诸多因素导致，凡临床症状较重者，131碘治疗时应严密观察。
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