导致血小板减少主要有三个原因，包括药物、免疫因素、骨髓性疾病。其中，药物引起血小板减少是最普遍的病因。
一些药物除了具有其自身的疗效外，还存在一些副作用。常见的副作用就是抑制骨髓造血，继而可降低血细胞数量，其中就包括血小板。这些药物有很多，最常见的药物就是抗感染类药物，大部分可杀灭病原微生物的药物，无论是针对细菌、病毒的还是针对真菌、寄生虫的，都有降低血小板的作用。一些不知名的保健品及中药也可能降低血小板。由于人体个人体质不尽相同，对于药物的反应也不同，因此，造成血小板下降的程度也就不同。在停用可能相关的药物后，一般血小板就会逐渐上升至正常水平，大部分不需要特殊的治疗。
人体自身免疫系统失调也可导致血小板减少。如人体患感染性疾病时，身体会产生大量的抗体去抵抗病菌，这些抗体可能会攻击血小板，而造成血小板减少。肝硬化患者导致的脾功能亢进会加强脾脏吞噬血小板的功能，脾脏不但将异常的血小板吞噬，甚至会大量吞噬正常的血小板。还有一些自身免疫性疾病的患者，因为异常抗体的产生而降低血小板数量。
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