虽然色素痣是一种良性肿瘤，但是对于有恶变倾向的色素痣给予早期治疗是十分必要的。在治疗的同时应尽量不留感染、色素沉着以及瘢痕。具体的治疗方法有那些呢？
手术
利用外科手术彻底切除病变组织。小痣切除后可直接缝合，不能直接缝合时，则在痣中央分次切除，直至病变组织完全清除，手术后据病变色素痣的部位与大小，用局部皮瓣，转移皮瓣或植皮法覆盖处理创面。
冷冻
临床上常用液氮冷冻法。利用液氮不易爆、不易燃、沸点低等特点对病变组织处以极短时间(约30～60秒)冷冻，几分钟就可解冻，受冻组织出现疼痛和肿胀，1～2天后出现水疱，约1～2周水疱结痂，1周后脱痂。一般色素痣冷冻一次就可痊愈，色素痣厚大的要多次冷冻才可痊愈。
激光
可在数分钟至数十分钟内无需麻醉完成一次治疗，2～3个月后进行下一次治疗。治疗中患者和医生需注意保护眼睛，以免被激光伤害。
术后用抗菌素软膏涂于创面，炎症可在4～6天内消退。激光治疗色素痣通常需要3～5次，色浅者可减少至2～3次，病情严重的则要6次以上。
五妙水仙膏或水晶膏点涂
将色素痣常规消毒，然后用棉签将五妙水仙膏涂于皮损部位，15分钟后药干，呈灰白色，用生理盐水把药物擦去，再重新涂药。依照这种方法反复用药几次，直到皮损褪色为止。
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