新生儿血小板减少性紫癜的病因是多方面的，当血小板生成不能弥补血小板损失时，血小板计数就下降了。
根据病因分类，新生儿血小板减少性紫癜可分为免疫性、感染性、先天性或遗传性等。
1、免疫性血小板减少性紫癜
(1)同族免疫性血小板减少性紫癜：母亲的抗体，如同族免疫性抗体可通过胎盘进入婴儿体内，如果母婴血小板抗原性不相同，就会造成婴儿出生时血小板计数常降低而发生出血
(2)先天被动免疫性血小板减少性紫癜：当母亲患有母患特发性血小板减少性紫癜、全身性红斑狼疮等免疫性疾病时，母亲体内的抗体可同时破坏母亲和胎儿血小板。胎儿出生后就会发生血小板减少，引发紫癜。
(3)新生儿溶血病并血小板减少：严重的新生儿溶血症常会影响到血小板数量，引发紫癜。
(4)药物性血小板减少性紫癜：药物引起的新生儿血小板减少，可分为先天性和后天性两种，不管是胎儿在母体中通过胎盘收到药物影响，还是出生后使用药物，都可能会引起血小板减少性紫癜。
2、感染性血小板减少性紫癜：各种病毒、细菌、螺旋体(梅毒)和原虫感染，或由于严重感染而出现的各种严重并发症都会引起血小板降低。感染包括宫内感染和出生后感染，特别是宫内感染更易合并血小板减少。
(1)宫内感染：常见病原体有弓形体、风疹、巨细胞病毒、人疱疹病毒、柯萨奇病毒、麻疹及肝炎病毒等。
(2)生后感染：以细菌感染为主,主要是金黄色葡萄球菌和革兰阴性杆菌感染，常继发血小板减少。
3、先天性或遗传性血小板减少性紫癜：骨髓巨核细胞减少或缺如，可导致血小板减少。有些遗传性疾病可导致血小板减少，如Wiskott-Aldrich，病因尚不明确。
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