先天性脑畸形是构成小儿脑瘫的主要原因之一，其主要的病因包括神经管闭合不全，脑发育障碍，神经元发生及移行障碍，联合障碍或中线结构异常，小脑发育不全等，各种原因导致的脑损害引发脑瘫
神经管闭合不全包括无脑儿畸形和脑膜膨出，无脑儿畸形较严重，出生后不能存活，脑膜膨出多见于后枕部或颈枕部，脊膜脊髓膨出多见于腰骶部。
神经管闭合不全可导致中脑导水管畸形儿引起阻塞性脑积水，使侧脑室扩大，脑皮质萎缩变薄，而引起脑功能障碍，发生脑瘫
脑细胞发育异常可见于染色体畸形，也常见于孕期妇女感染风疹病毒、梅毒螺旋体等病原微生物。脑发育异常的存活而可出现智力减退、运动障碍等。脑发育畸形也可引起脑积水而导致脑损害。
成神经细胞在发育迁徙过程中，发生停顿或移位，致使神经细胞堆积在异常的地方，形成大小不一的异位灰质团块或结节，而正常部位没有正常的神经组织，部分脑组织功能缺损，导致脑瘫风疹病毒或脑白质严重发育不良，可以导致联合障碍或中线结构异常，临床上表现为智力减退、精神运动异常、语言障碍等。
小脑发育不全的患者的小脑体积很小，功能发育障碍，临床上可表现为智力低下和四肢瘫痪，预后不佳，多在学龄前死亡。
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