绝大多数中晚期肝癌患者都会出现以肝区疼痛的症状，其发生率超过50%。这主要是因为干部肿瘤迅速增大，压迫或侵犯肝脏包膜，肝脏包膜有丰富的神经末梢，因此而引起疼痛。
肝癌患者的肝区疼痛一般位于右肋部或剑突下，多为持续性隐痛、钝痛或刺痛，但有少数肝癌患者的疼痛可短期缓解而给人造成病情减轻的假象。
不过，也有部分肝癌患者的疼痛可有特殊的表现。
例如部分患者的疼痛可表现为中上腹疼痛，多为左叶肝癌所致，从而易被误诊为胃病，延误肝癌的治疗;也有的患者表现为右肩疼痛，多见于右叶靠近膈肌的肿瘤，因累及膈肌而引起右肩的牵涉痛，易被误诊为肩周炎;少数患者可表现为突发的肝区剧烈疼痛，多是由于位于肝脏表面的癌结节破裂出血所致，如患者同时伴有头晕、眼花、心慌、血压下降等表现，则很有可能是癌结节破裂并发严重的内出血所致，需紧急抢救。
此外，肝癌转移到腹腔淋巴结的患者可表现为腰背疼，转移到脊椎的患者也可表现为腰背疼，转移到其他骨骼的患者则可表现为相应部位的疼痛，如转移到颅内的患者可表现为头疼及恶心等。
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