尖锐湿疣常发于男性身体的部位，依次为冠状沟、龟头、包皮、系带、尿道、阴茎体、肛门和阴囊等；女性身体部位依次为大小阴唇、处女膜残端、尿道口、下联合、子宫颈、阴道壁、肛周、阴阜等，偶见外阴和肛周以外部位，如腋窝、脐窝、趾间、乳房下、口腔颊部或舌边缘等。
尖锐湿疣主要与以下疾病鉴别：
(1)绒毛状小阴唇：又称假性湿疣，见于女性双侧小阴唇内侧或尿道口周围，为多发性、群集性颗粒状丘疹或绒毛状突起，是一种正常的生理变异，并非病态。
(2)阴茎珍珠状丘疹：发生于男性冠状沟为针头大小的黄白色或淡红色的小丘疹，成行排列，质硬，无压痛，不增生，无功能障碍，醋酸白试验阴性。
(3)扁平湿疣：为发生于阴肛部群集的扁平斑丘疹，表面光滑潮湿，无角化，组织液暗视野显微镜检查可见梅毒螺旋体，快速血浆反应素试验（RPR)和TPPA试验均为阳性。
(4)生殖器癌：多见于年龄较长者，皮损向下浸润，易发生溃破感染，组织病理检查可见细胞异形，无空泡化细胞。
(5)鲍温样丘疹病：易发生于青年男女生殖器皮肤黏膜部位为棕红色小丘疹，组织病理学上类似鲍恩病样改变。
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