慢性细菌性前列腺炎在致病菌种类方面与急性细菌性前列腺炎基本相同，二者细菌病原学方面的的区别在于，慢性细菌性前列腺炎病人的前列腺液中细菌的数目较少。
病原学特点
在前列腺液的细菌培养中有可能需要数天甚至数月才能得到阳性结果，这个特点一方面使得慢性细菌性前列腺炎与急性细菌性前列腺炎相比临床上存在着较大的不同；另一方面，这种低细菌浓度的情况也使抗菌药物的效用及机体自身免疫吞噬作用的效率大大降低，因而增加了治疗的难度。
解剖特点
在解剖结构上，前列腺的腺管进入前列腺的周围带，使尿液容易进入前列腺，与此同时必然影响前列腺液顺利地进入尿道。此外，前列腺周围带发生炎症所引起的水肿可压迫导管进一步阻碍前列腺液的排出。在这种情况下，感染物质的堆积和阻塞造成了腺管内的纤维组织沉积以及结石的形成，从而促进慢性炎症的发生和发展。
分泌功能障碍
前列腺的分泌功能障碍也被认为是细菌性前列腺炎，特别是慢性细菌性前列腺炎的发病机理之一。
尽管前列腺液的pH在正常人中可以是酸性或碱性的，但在慢性细菌性前列腺炎患者中均是碱性的。锌存在于正常人的前列腺液中，并且是抗菌因子的重要成分，而它在慢性细菌性前列腺炎患者中水平很低，这可能在慢性细菌性前列腺炎的发病中起到了重要酢用。
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