医学目前对原发性三叉神经痛的病因仍不清楚，常见有以下几种学说：
血管压迫学说
脑底动脉和小脑上动脉对三叉神经根的压迫是引起疼痛的重要原因，也是三叉神经痛的最常见原因;也有人提出，由于颈内动脉管的骨顶结缔组织所代替，造成半月神经节腹面与搏动的动脉长期密切接触使其受压而产生三叉神经痛。
骨性压迫学说
有学者提出，三叉神经痛是由于三叉神经根受到岩骨嵴的压迫所致。研究发现，三叉神经痛多发生于绝经期后的女性，可能因其骨质疏松，颅骨脱钙，逐步发生颅底陷入。而颅底陷人是导致三叉神经痛的主要因素。
缺血学说
因三叉神经痛多见50岁以上的中老年人，且易合并动脉粥样硬化及脑缺血。故有人提出，三叉神经痛系三叉神经节的神经细胞因反复发作性缺血而致。
中枢病原学说
有学者把三叉神经痛解释为丘脑症候群，类似癫痫发作。
病灶并不在三叉神经根、半月神经节或周围支上，而是由于丘脑—皮层机能障碍和脊髓三叉神经核团异常引起的。
其他学说
有人认为三叉神经痛是病灶性或病毒感染所致，故提出感染学说;还有人提出因大多数患者胃酸减低，蛋白质消化不良，产生组织胺或类组织胺物质(蛋白际等)，使三叉神经过敏性水肿而致三叉神经痛的变态反应学说;还有人认为三叉神经痛有家族性倾向，推测与遗传有一定关系。
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