甲状腺功能亢进的疾病自然病程一般在一年至两年。通过抗甲状腺药物的治疗只能控制甲亢的病情发展，使患者顺利度过自然病程，因此，抗甲状腺药物治疗疗程要长，一般需要两年以上。即使经过长期的药物治疗，仍旧有部分甲亢患者会复发。轻症患者中约有四分之一复发，重症患者中约有四分之三的患者会复发。
甲亢复发是指应用正规方法治疗两年以上，达到治愈标准，停药后再次发病，症状再现。有些甲亢患者并未治愈，而是病情时好时坏，这种情况为病情反复，而不是复发。甲亢复发的原因多种多样，包括药物治疗方法、诱发因素、患者病情、免疫因素等。
甲亢复发最常见的原因是抗甲状腺药物剂量不足、疗程不够、停药过早、停药过快、服药不规律等。而感染、饮食不节制、精神刺激、其他生理因素等都可能诱发甲亢复发。如果患者的甲状腺功能在正规治疗两个月后仍不能恢复到正常水平，特别是T3持续不降者容易复发。甲状腺刺激抗体为阳性的甲亢患者大部分人在停药3~12个月后复发。规范的药物治疗加上精心的护理是减少甲亢复发的关键。
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