慢性细菌性前列腺炎除药物治疗外，少数情况下也可选择手术治疗。慢性细菌性前列腺炎的手术治疗的适应证是药物治疗不能治愈或不能完全控制的患者，特别是前列腺结石患者。
全切
整个前列腺和精囊的切除能够治愈这些患者，但由于手术本身存在的各种不良反应限制了应用。
经尿道电切
前列腺结石多发生在前列腺外分泌腺的腺泡及管腔中，可以孤立或散在分布，成年人前列腺结石的发病率很高，这些结石一般比较小，但成簇发生，较多数量的大结石绝大多数发生在慢性细菌性前列腺炎患者身上。如果切除操作者能成功地切除所有感染组织和结石，那么经尿道前列腺切除术可达到治愈效果。但这种治疗方法往往不能达到这一目的，这是由于前列腺周围区含有大部分的感染和结石。
经尿道大部分切
国外有报道称采用经尿道切除大部分前列腺组织的“根治性”切除方法，治疗对规范抗生素治疗一年以上无效的慢性前列腺炎患者取得了较好的疗效。
具体方法是经尿道切除大部分前列腺组织直至外科膜。术后并发症与其他前列腺电切者相似，切除后进行6~8周的抗生素治疗，但报告者也强调此方法并不适用于大多数经抗生素治疗无效的慢性细菌性前列腺炎患者。
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