尖锐湿疣好发于性活跃期男女的生殖部位，如男性的鬼头、冠状沟、包皮系带、阴茎、会阴，女性的大小阴唇、尿道口、阴蒂、阴道、会阴等，此外也可发于肛周、口腔及宫颈等特殊部位。
1、肛门周围
肛周皮肤黏膜多皱褶，且局部潮湿，走路时又多有摩擦，故局部皮肤容易发生微小损伤，因此一旦发生尖锐湿疣，往往会累及到肛周。皮损初起时为小丘疹，随后成长为有蒂的菜花状赘生物，多见于同性恋及有肛交史者。
2、口唇及咽部黏膜
多发于有口交史者，人类乳头瘤病毒通过口交播散至口腔及咽喉部黏膜上皮，皮损表现为体积小、质地柔软、颜色潮红的乳头状赘生物，患者多同时存在其他部位的尖锐湿疣
3、男性尿道口
表现为尿道口的疣状赘生物，疣体可呈乳头状或菜花状，表面光滑湿润，颜色潮红或鲜红，检查时需将尿道口黏膜充分暴露方能见到疣体，部分人类乳头瘤病毒沿尿道逆行向上，引起尿道上皮的感染，此时需通过尿道镜检查方能发现。
4、女性宫颈
宫颈口上皮是从阴道的复层鳞状上皮向宫颈管的柱状上皮相移行的部分，虽不是尖锐湿疣的好发部位，但一旦为HPV-16、HPV-18、HPV-45、HPV-56等亚型所感染，易发生非典型增生甚至癌变。
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