急性精囊炎抗菌治疗非常重要，一般无需止血治疗。但由于前列腺体表面有一层脂质类的包膜，许多抗生素很难通过此膜而渗透到腺体内而达到治疗作用。常用的药物有：
红霉素
红霉素有较强的穿透性，对前列腺上皮的渗透作用强。在酸性环境中可离解为非溶状态，对金葡菌、链球菌均高度敏感，对革兰氏阴性杆菌无效。因此常与卡那霉素联合应用。用法：红霉素0.25g，每日4次;卡那霉素0.5g，每日2次，肌肉注射，共用10～14天为第一个疗程，症状好转后改为复方新诺明口服，每次2片，每日2次，服10～14天。
复方新诺明
复方新诺明的用药为2片，每日2次，用4～6周，在口服此药时可同时口服碱性药物，以提高疗效。
先锋霉素类药和三甲氧苄氨嘧啶
可以通过血液进入前列腺体内达到抗炎杀菌作用。常用的有头孢拉定胶囊，口服每次500mg，每日4次。严重者可每日4～8g，分2次静注，但应注意对头孢菌素过敏史者禁用，对青霉素过敏者慎用。三甲氧苄氨嘧啶的用法多为复方制剂，与磺胺同用，复方三甲氧苄氨嘧啶即复方新诺明。
喹诺酮类
近些年来抗菌药发展很快，用于急性前列腺炎的抗炎治疗药也增加很多，喹诺酮类药用法有氟哌酸0.2g，每日3次口服;奥复星0.2g，口服，每日2次;病情严重时可静脉点滴奥复星，每次0.2g，每日2次，疗程10～15天。不良反应为消化道症状，偶见谷丙转氨酶升高。病情好转改服其他抗生素。
青霉素类
有些青霉素类药物对尿路的特异性细菌有效。对于非特异性细菌感染引起的效果不理想，一般情况下不作为首选。
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