目前临床上关于三叉神经痛患者的三叉神经病理解剖变化尚未达成一致。以往一般认为原发性三叉神经痛在三叉神经半月节及神经根上均无明显的病理改变。近来的研究多数支持三叉神经痛的病理解剖变化很大，神经节内可见节细胞的消失，炎性浸润，动脉粥样硬化改变及脱髓鞘。
这些病理变化用光学显微镜已足可见到，若采用电子显微镜观察则更为明显。
三叉神经痛患者的半月神经节病理观察显示，在光镜下可见髓鞘显著增厚及瓦解，轴突不规则，很多纤维有节段性脱髓鞘，轴突常形成为遗留物或完全消失。电镜下同样有明显的退行性变，主要为神经节细胞，胞质中出现空泡;神经纤维髓鞘呈现退行性过度髓化，节段性脱髓鞘伴轴索裸露、增生、肥厚及扭曲、折叠、缠结形成“丛状微小神经瘤”，未找到病毒包涵体或炎症浸润的证据。
国内学者在半月节后根、眶上神经取原发性三叉神经痛患者的病理标本，光镜检查所见半月节神经纤维普遍肿胀，脱髓鞘、轴突大部分消失;半月节、后根可见到明显退行性增生改变，表现为髓鞘的正常纹理组织不清，髓鞘松解，断裂为多层，较重病例轴浆内结构也有退变，原纤维结构不清，局部区域形成大空泡，髓鞘明显肿胀、退变，线粒体模糊不清;无髓鞘纤维也有退行性改变。
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