临床上，非复杂性的尿路感染80%由大肠杆菌引起，10%~15%由葡萄球菌和克雷白氏杆菌引起，仅2%~5%是由变形杆菌所导致。
而复杂性尿路感染的细菌谱则要广一些，大肠杆菌仍为主要致病菌，但许多其他革兰氏阴性细菌，如变性杆菌、沙雷菌属、克雷白菌及假单袍杆菌属等，均可导致复杂性尿路感染男性前列腺结石也可并发尿路感染。
结石阻塞腺管
前列腺结石多长于前列腺的腺泡及腺管远端部分，或存在于前列腺后叶、前列腺四周区及深部，因此常可阻塞腺管，引起前列腺液排泄不畅，而且由于结石的梗阻和对腺体腺管的刺激，可引起前列腺的炎症，使腺泡充血，上皮脱落、腺体纤维化，炎症发展或者化脓时，可引起前列腺周围炎症，严重感染还可形成前列腺脓肿，引起尿路感染。
结石中隐藏大量细菌
前列腺结石中隐藏大量的细菌，将结石压碎后做细菌培养，可见大量细菌滋生，而将前列腺组织压碎后培养则无细菌生长，可见前列腺结石常可作为感染的核心，储存细菌，而抑菌的抗生素却难以进入结石内部发挥作用，因此前列腺结石非常容易并发反复的尿路感染，常规治疗方法难以去除病根。
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