药物治疗已经是患者普遍首选的方法，对于青春期和病情程度较轻的多囊卵巢综合征患者，可以采用规范疗程的药物治疗。治疗方法如下：
（1）口服避孕药。口服避孕药，可长期应用的治疗方法，主要用于保护子宫内膜、调整月经周期，通过降低卵巢产生的雄激素改善多毛和/或痤疮
避孕药可以降低患者的高雄激素血症。
（2）糖皮质激素，用于治疗肾上腺合成雄激素过多的高雄激素血症，以地塞米松和强的松的疗效较好，因为它们与受体的亲和力较大，可抑制垂体ACTH分泌，使依赖ACTH的肾上腺雄激素分泌减少。长期应用注意下丘脑-垂体-肾上腺轴抑制的可能性。
（3）来曲唑，这类药物以往主要用于乳癌的治疗。它们可以单独应用，也可与FSH联合应用。主要副作用包括胃肠道反应、疲劳、潮热、头和背痛。目前临床常用的芳香化酶抑制剂类药物是来曲唑，主要用于氯米芬抵抗的患者，排卵率达80%，多于月经周期开始后或黄体酮撤退性出血后，月经第3-7日（共5日）应用。
（4）胰岛素增敏剂。多囊卵巢综合征的一个主要特征是胰岛素抵抗，导致代偿性高胰岛素血症，以便维持正常糖耐量（葡萄糖摄入后胰岛素的正常反应）。在年轻PCOS妇女中，高胰岛素血症是糖耐量异常和后期心脏疾患的主要危险因素。另外，高胰岛素血症还可引起卵巢雄激素合成增加，进而导致无排卵、闭经和不孕
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