小儿麻痹症和流行性乙型脑炎均为急性传染病，两者症状有相似之处，但也有不同之处，应仔细区分。
1.症状不同
（1）小儿麻痹症临床表现主要为发热、咽痛、肢体痛，部分患者可发生迟缓性麻痹。
临床分为5个时期，前驱期主要症状为发热、食欲不振、恶心、呕吐、咽喉痛、多汗等；瘫痪前期体温再次升高，恶心、头痛、呕吐严重，皮肤发红、有短暂膀胱括约肌障碍，颈后肌群、躯干和四肢强直灼痛；瘫痪期可出现迟缓性瘫痪、肌张力减退、腱反射消失、呼吸不规则等症状；恢复期，瘫痪从肢体远端开始恢复；后遗症期可出现肌肉萎缩，肢体畸形。
（2）流行性乙型脑炎的主要临床症状为高热，意识障碍，抽搐和脑膜刺激征。临床分为4个时期，初期体温可达到39℃~40℃，伴有头痛、恶心、呕吐，多有嗜睡；极期体温常高达40℃以上，出现嗜睡、昏迷、谵妄等意识障碍表现，同时可有面部、手、足局部抽搐，严重者出现阵挛性抽搐；恢复期体温逐渐下降，症状逐日好转；后遗症期，部分重症患者仍有神志障碍、失语、吞咽困难等症状。
2.致病菌不同
小儿麻痹症的致病菌为脊髓灰质炎病毒，流行性乙脑的致病菌为乙型脑炎病毒。
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