尖锐湿疣患者常用干扰素治疗，期间可能出现以下不良反应：
感冒样综合征
注射后2-4个小时可出现发热、乏力、肝区痛、背痛和消化系统症状（恶心、食欲不振、腹泻及呕吐）。
2-3次后逐渐减轻，对以上感冒样综合征可于注射后2小时，给扑热息痛等解热镇痛剂。
神经系统症状
干扰素治疗尖锐湿疣期间会出现神经系统症状，如失眠、焦虑、抑郁、兴奋、易怒、精神病，出现抑郁以及精神症状时要及时停药。
诱发自身免疫性疾病
注射干扰素可诱发自身免疫性疾病，如甲状腺炎、血小板减少性紫癜、溶血性贫血、风湿性关节炎、荨麻疹、红斑狼疮样综合征、血管炎综合征和糖尿病等，一旦出现以上症状，及时停药，停药之后症状可减轻。
干扰素治疗之后出现白细胞及血小板减少，停药后可自行恢复。治疗过程中白细胞以及血小板持续下降，当白细胞计数<3.0×109/L或者中性粒细胞计数<1.5×109/L，或血小板计数<40×109/L时，需立即停药，并严密观察，对症治疗，注意出血倾向。血象恢复后可重新恢复治疗，但需密切观察。
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