目前红斑狼疮的病因尚不明，近研究证实红斑狼疮是以各种免疫反应异常为特征的疾病，至于其造成免疫障碍的因素可能是多方面的，如药物因素、感染因素、内分泌因素、免疫异常等均可诱发红斑狼疮，除此之外，红斑狼疮还具有一定的遗传因素。
诱发红斑狼疮的感染因素
红斑狼疮的发病与某些病毒，特别是慢病毒感染有关，从患者肾小球内皮细胞浆、血管内皮细胞，皮损中都可发现类似包涵体的物质。同时患者血清对病毒滴度增高，尤其对麻疹病毒、副流感病毒、疱疹病毒、风疹病毒和粘病毒等。
诱发红斑狼疮的内分泌因素
由于临床上发现患有红斑狼疮的女性显著多于男性，并且多在生育期发病，于无性腺活动期间，即15岁以下及50岁以后发生本病的显著减少，此外口服避孕药可诱发狼疮样综合征，因此认为雌激素与红斑狼疮发生有关。
红斑狼疮患者妊娠时病情的变化也与性激素水平增高有关，此后由于孕酮水平迅速增高，雌二醇比值相应增高，从而病情相对平稳，产后孕激素水平降低，故病毒可能再度加重。
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