甲亢突眼患者可用免疫抑制剂治疗，常用的药物是环磷酰胺，患者在用此药时应该注意其不良反应。
心血管系统
环磷酰胺可引起心肌病、局灶性穿壁性心肌出血及冠状动脉炎。大剂量（120-240mg/kg）可致出血性心肌坏死，并在最后一剂的2周后可发生心衰。
此药对毛根有毒性作用，常见有弥漫性脱发。
消化系统
最常见的不良反应是恶心、呕吐，发生率大约为60%-90%，这是患者不能耐受的主要原因。虽然5-HT阻断剂胃复安可以减轻这一不良反应，应密切注视随之而来的神经抑制作用。由于环磷酰胺的主要代谢物丙烯醛的肝脏毒性作用，引起肝细胞坏死，肝小叶中心充血，并伴随氨基转移酶升高。
泌尿系统
环磷酰胺可以引起肾出血、膀胱纤维化及出血性膀胱炎、肾盂积水、膀胱尿道返流、甚至继发肾癌，但与其他烷化剂抗癌药相比，该药物的肾毒性相对较低。
皮肤黏膜反应
环磷酰胺影响毛囊细胞的分裂，对头发、毛囊均有明显毒性。用药后引起脱发的程度是剂量相关的，停药后可逐渐长出新发。环磷酰胺抑制口腔黏膜的快速增殖，也可引起药物性皮炎，与其他药物合并使用，也偶见指甲脱落和色素沉着。
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