引起慢性前列腺炎的致病微生物主要是细菌，另外病毒、支原体、衣原体等微生物也可能引发本病。慢性细菌性前列腺炎起病的主要因素是病原菌感染，了解常见的病原菌能为疾病治疗提供一定帮助。
慢性细菌性前列腺炎患者前列腺液中最常见的病原菌是革兰氏阳性菌，以表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌多见；引起慢性细菌性前列腺炎最常见的革兰氏阴性菌是大肠埃希菌。其中凝固酶阴性葡萄球菌的检出率很高，约占总病原菌的30%，革兰氏阳性菌的一半。凝固酶阴性葡萄球菌广泛存在于人体皮肤、黏膜等组织表面，是一种机会致病菌。由于抗生素的广泛使用，凝固酶阴性葡萄球菌已成为院内感染的重要病原菌，而且耐药菌株比金黄色葡萄球菌更多见。
既然引起慢性细菌性前列腺炎的病原菌主要是表皮葡萄球菌、金黄色葡萄球菌和大肠埃希菌，那么对于这3中细菌的药物选择就显得十分重要。表皮葡萄球菌对氨苄青霉素、头孢呋辛、氟嗪酸、头孢三嗪、西孢克拉瑞等药物比较敏感；对金黄色葡萄球菌的敏感药物有头孢呋辛、西孢克拉瑞、头孢唑啉、氟嗪酸等；头孢三嗪、西孢克拉瑞、氟嗪酸等药物对大肠埃希菌引起的疾病效果较好。
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