妊娠早期发现甲亢，尽量作人工流产，等到甲状腺功能控制到正常水平，停药后才可考虑再次妊娠，毕竟抗甲状腺药物以及甲亢本身对胎儿的发育还是有影响的。
如果必须保留妊娠，则主要采用抗甲状腺药物治疗，也可选用手术治疗，但禁用放射性药物进行治疗，因为放射性药物可通过胎盘造成胎儿甲状腺组织破坏。在药物治疗中，应注意不可给予普萘洛尔（心得安）作辅助性治疗，因为普萘洛尔可引起胎儿生长发育迟缓、心动过缓、早产及新生儿呼吸窘迫。
对抗甲状腺药物的选择上，一般选用丙基硫氧嘧啶，因其通过胎盘的量比甲巯咪唑少，而且能抑制T4转化为T3。
妊娠早期，胎儿的甲状腺未发育成熟，不具有吸碘功能，不受TSH兴奋，抗甲状腺药物用量与非妊娠者相同，应尽快控制甲亢症状，以利于妊娠。
妊娠中期，胎儿甲状腺功能已基本发育成熟，抗甲状腺药物用量不盲过大；为防止胎儿甲状腺功能低下，应把孕妇的甲状腺功能控制在正常稍高水平。
妊娠晚期是胎儿脑发育的关键，抗甲状腺药物的用量要进一步减少或停用，如丙基硫氧嘧啶用量不能超过每日100毫克，以免影响胎儿的大脑发育。
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