新生儿甲亢属甲亢症的特殊情况之一，临床不多见。患者母亲患有甲亢，或以往有甲亢或有阳性家族史以及慢性淋巴细胞性甲状腺炎的发病者为多。轻症无需治疗，可自行缓解；病情较重者，可影响新生儿的发育，应及时进行治疗。
丙基硫氧嘧啶10毫克，每8小时1次口服，直至症状减轻再减量。
普萘洛尔每天2毫克/千克体重，分3次口服。
用碘剂和抗甲状腺药物治疗，口服复方碘溶液，每天1～3滴，甲巯咪唑每千克体重0.5~1.O毫克或丙基硫氧嘧定每千克体重5-10毫克，分3次口服。
有心力衰竭时，可用地高辛。成熟儿0.06毫克/千克体重，未成熟儿0.05毫克/千克（也有人认为0.02毫克/千克即可）。洋地黄最初给1/2量，其余量每6～8小时，分2次各给1/4，维持量为总量的1/4，每天1次。
地高辛量决定于临床，心率130~140/分钟为临床有效。
新生儿甲亢最易发生心力衰竭，除用以上方法治疗外，尚可用呋塞米1～2毫克/千克，静脉注射，或每天每千体重3毫克口服，同时应注意低氯、低钠和低血钾症的发生
硫脲类药物能通过乳汁分泌，对哺乳的新生儿的甲状腺有抑制作用，哺乳期妇女如继续服用硫脲类药物时，不可哺乳新生儿，应人工喂养。
某些药物：如乙胺碘酮等。
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