虽然控制排斥的药物有很多，但是，肺移植的免疫治疗方案多从肾移植及心脏移植的研究中转化而来。绝大多数患者在移植术的存活期内都会应用三联疗法，即环孢素A+硫唑嘌呤（骁悉）+激素；或者FK506+硫唑嘌呤（骁悉）+激素。
而肺移植基本的免疫抑制药物一般为环孢素或FK506（他克莫司）。
其中，环孢素可谓是革命性的实体器官移植药物，它通过干扰几种T细胞因子的转录抑制细胞壁合。抑制细胞因子会导致特异性的及可恢复的T细胞免疫活性激活。但值得注意的是，化学药物都会有不同的毒副反应，环孢素也不例外。其毒性作用主要包括：肾毒性、髙血压、神经毒性、多毛症、齿龈增生及肝毒性。
而FK506（他克莫司）的药理作用环抱索相类似，都是通过抑制T细胞活化来抑制细胞介导的免疫反应。
但它与环素结合的不是同一种免疫因子。FK结合蛋白复合物抑制白介素2及其他细胞子释放。
FK506同样具有毒副反应，它的不良反应与环孢素类似，包括肾毒性、髙血压及糖尿病
除此以外，对于绝大多数肺移植患者来说，激素和硫唑嘌呤等也是肺移植患者免疫抑制方案的一部分。
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