乍听急性排斥反应与慢性排斥反应，很多人都会错误地认为，这两种排斥反应的区别只是发生时间早晚的问题。其实不然。
移植后器官存在排斥的风险是因为机体免疫系统能够识别供体的抗原并发生应答，这种应答是通过淋巴细胞激活（细胞反应）和抗体(体液反应）而实现的。
急性排斥反应最早可发生于移植后7～10天，此时移植物表面的抗原已经被识别为外来或非己分子。
在识别过程中，淋巴细胞游走到该区域，浸润至间质或血管周围。另外，及时器官移植1年以后，也还会发生急性排斥反应。如果急性排斥反应伴有细胞坏死，通常认为排斥反应很严重，需要增加免疫抑制的强度。
而慢性排斥反应则通常指的是可以导致血管病变的抗体反应（体液反应）。此种血管病变由不同器官移植而获证。譬如，心脏移植可以加速移植物动脉粥样硬化，肺移植出现阻塞性支气管炎，肾脏移植后肾动脉出现狭窄，肝脏移植后胆道无功能等。
另外，急性排斥反应和慢性排斥反应的预后也有所不同。急性排斥反应若能及时诊断和及早治疗，绝大多数患者的急性排斥反应都能被控制，并得到逆转；而慢性排斥反应虽病程缓慢，但治疗效果不佳，约有50%的患者的移植物会在1年之内完全失去功能。
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