女性尖锐湿疣和男性尖锐湿疣不完全一样。主要表现为好发部位不同而引起不同的表现。
男性尖锐湿疣好发于阴茎、阴囊、尿道口和肛周。缶床上常见三种类型的皮疹：一是典型的尖锐湿疣，主要见于潮湿的部位，如包皮内侧、冠状沟、尿道口和肛周；二是丘疹状疣，主要见于干燥部位，如阴茎干和外阴长毛的皮肤；三是扁平角化性斑块，此型损害必须活检。阴囊的亚临床感染高达16%～22%。尿道尖锐湿疣的发生率为5%～30%。在肛周湿疣的同性恋男性中，90%有肛管或直肠粘膜或亚临床感染。还带、冠状沟或包皮反复出现疼痛性裂隙，引起性交痛。
女性生殖器疣则好发于阴道口、外阴、会阴和肛周，宫颈和阴道也不少见。女性尖锐湿疣的特点主要是发生于阴道及宫颈者常为亚临床感染，需要借助于阴道镜和醋酸白试验帮助诊断，且宫颈HPV感染可一进展为宫颈上皮瘤样病变，需要引起高度重视。而且一部分免疫力低下者常于月经前后皮疹复发或加重，临一床上发现女性比男性的复发率更高。
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