尖锐湿疣经治疗后复发率高达40%，目前尚无一种满意的疗法阻止其复发。一般认为，其复发原因如下：
(1)尖锐湿疣侵犯人体后，常表现为三种临床类型：一种是肉眼可见的疣体；另一种为肉眼不能见到，只能在显微镜下才能见到有病变的亚临床表现；还有一种是未出现病变，但组织表面携带病毒，只能用分子杂交技术如多聚酶链方法才能测出病毒。临床治疗时，通常只切除肉眼能见的那部分疣体，而肉眼见不到的疣体术后可继续增大。
(2)尖锐湿疣病变过程主要发生在上皮组织内，病毒也局限于上皮组织内，人体皮肤黏膜的免疫系统存在于上皮下的真皮层内，由于上皮组织的基底层的阻隔，真皮内免疫系统不能与表皮内人类乳头瘤病毒颗粒接触而建立起有效的免疫系统反应，因而使得不少尖锐湿疣久治不愈，这种情况同样见于扁平疣和寻常疣。
(3)性伴侣没有同时治疗，通过性生活再感染。
(4)某些医务人员医学知识不丰富，医疗技术不成熟，方法不可靠，药效不明显。
(5)不少病人性关系长期混乱，生活不检点。
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