尖锐湿疣的复发率很高，大量临床研究表明，尖锐湿疣治疗后复发时间集中在术后3-6个月内，随着时间的延长，复发的机会减少，尖锐湿疣复发的原因可能与下列因素有关：
①患者的细胞免疫功能异常：经研究表明，肾移植术后长期口服排异药物的患者、艾滋病患者患尖锐湿疣的发病率明显上升，提示免疫功能缺陷的患者，尤其是以细胞免疫功能异常者，发生人乳头瘤病毒感染的机会大大增加。
②尖锐湿疣的亚临床感染现象：由于人乳头瘤病毒潜伏感染使非皮损区产生新的临床和亚临床皮损，激光或冷治疗局部去除疣体后，通过伤口周围人乳头瘤病毒感染泡修复创面过程，使原有的皮损区再发生新的皮损。
③患者的雌激素水平较高：聚合酶链反应研究显示，雌激素受体在妊娠期的尖锐湿疣组织中的数目与强度都高于非妊娠期尖锐湿疣组织，这一点与临床上妊娠期感染人乳头瘤病毒后生长速度快与体积大吻合，说明雌激素与入病毒活动有关，是尖锐湿疣发生的辅助因素之一。
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