目前尚无根治尖锐湿疣的确切方法，短期目的以局部治疗祛除疣体为主，最终目的是尽可能地减少或预防复发。如合并其他性传播疾病应同时治疗。同时对患者的性伴侣检查和治疗。治疗期间应避免性行为。
（一）局部药物治疗
1.5%足叶草毒素酊外用，每日2次，连用3d，停药4d，为1疗程，可用1-3个疗程。每日用药总量不应超过0.5mL。疗效好，但对周围皮肤黏膜刺激大，要注意保护。有致畸作用故孕妇禁用。
2.10%-25%足叶草酯酊外用，每周1次，涂药2-4h后洗去。
3.50%三氯醋酸溶液外用，每周1次，利用其化学性剥脱作用去除疣体。最多连用6次。注意保护周围皮肤黏膜。
4.5%咪喹莫特霜是一种局部免疫增强剂，通过诱导局部产生干扰素及其他细胞因子发挥间接抗病毒作用。外用，每周3次，用药8-10h后洗掉。连用8-16周。
5.5%氟尿嘧啶霜属于细胞毒类药物，有抑制病毒复制的作用。外用，每日1-2次。注意保护周围皮肤黏膜。孕妇禁用。
6.3%肽丁胺霜有一定治疗作用，外用，每日2次。
（二）局部物理治疗和手术治疗
物理治疗包括激光、高频电、微波及液氮冷冻等方法。手术治疗适用于有蒂或体积大的疣体的治疗，包皮过长患者可施行包皮环切术一并把疣体切除。
（三）全身药物治疗
无有效的单纯抗病毒药物，主要用免疫疗法，调节机体免疫力，以达到减少或阻止疾病的复发。
1.干扰素具有抗病毒、免疫调节的作用。肌内、皮下或皮损基底部注射，每周3次，连用1-3个月。
2.转移因子皮下注射，每次3U，每周3次，连用2-4周。
3.HPV疫苗三期临床试验表明具有一定疗效，前景有待于进一步证实。
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