尖锐湿疣的治疗方法主要归纳为局部和全身治疗，包括药物疗法、冷冻治疗、激光治疗、高频电疗、手术切除、自体疫苗疗法、微波治疗等。
外用药物治疗：有足叶草脂与足叶草毒素、三氯醋酸、咪喹莫特、5-氟尿嘧啶、酞酊胺、秋水仙碱、福尔马林和新洁而灭等。其中以足叶草脂(或毒素)疗法较好，其作用原理为诱导产生白细胞介素-1及白细胞介素-2，促进巨噬细胞增殖，抑制免疫应答，损伤小血管的内皮细胞，终止细胞有丝分裂，最后使表皮变白、水肿、角质形成细胞坏死而致疣体脱落。使用时以小棒蘸上药液，涂于疣体表面，一天3次，3天为一疗程。用药时应注意保护疣体周围正常皮肤和黏膜。三氯醋酸通过对蛋白的化学凝固作用而破坏疣体，外用，每天一次。
物理疗法及手术治疗：常用的有CO2激光、冷冻、高频电疗、微波治疗、手术切除。其中激光治疗最为常用，可以治疗任何部位的尖锐湿疣，一次性去除疣体，但复发率较高。高频电疗及微波治疗有同样好的疗效。冷冻疗法用的是液氮和C02干冰，适用于外生殖器、肛门、阴道及尿道口部的尖锐湿疣，治疗须分若干次进行。巨大型尖锐湿疣采取手术治疗。
局部注射疗法：用干扰素或消疣灵、聚肌胞注射于疣的基底部，也有较好的效果。
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