目前，治疗尖锐湿疣的方法有以下几种：
①外涂药物：主要是用足叶草脂和足叶草毒素制剂，如“疣特”、“疣脱欣”等，这些药物有一定的副作用，应该在医生的指导下使用，不要自己到药店买药，乱搽一气。在尖锐湿疣治疗的前3个月中，部分患者的旧病复发是突出问题。为此，在治疗前，医生会进行全面检查以排除其他可能合并存在的性病或泌尿生殖道感染，发现有其他性病时会给以及时治疗。此外，在治疗尖锐湿疣时，医生会先用酯酸白试验确定皮损范围，以便较彻底进行治疗；然后酌情使用抗生素或消炎药，以促使创面尽快愈合，防止继发感染。
②物理疗法：通过激光、冷冻、电灼等物理方法直接破坏并去除疣体。
③外科切除：这主要是针对巨大疣体的一种治疗手段。在完全去除尖锐湿疣疣体后，医生还会使用增强免疫力的药物(如干扰素、胸腺肽)预防复发。
对于妊娠期尖锐湿疣患者，小的皮损可暂时不治疗，皮损较大者可手术切除。患者不能用有毒性的外用药。由于还不清楚做剖宫产是不是可以预防新生儿乳头瘤病毒感染，因而不主张为了预防新生儿病毒感染而进行剖腹产。但如果疣体阻塞产道或经阴道分娩有导致大出血危险时，应进行剖宫产。
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