治疗尖锐湿疣目前以外治为主，应根据患者的具体情况和医疗的条件及患者的经济情况选择不同的治疗方法。去除湿疣的方法可概括为三类：
化学方法：常用的药物有足叶草酯和足叶草毒素、50%～90%三氯醋酸、5%5-氟尿嘧啶(5-Fu)霜、5-Fu肾上腺素凝胶注射等。
物理方法：包括液氮冷冻、电外科治疗、二氧化碳激光、微波、套环式电切法。
外科疗法：手术切除。
这些方法各有其适应证，其治愈率在50%～80%之间。凡药物治疗万便，易于操作，但一般需要重复数次，而且有些药物有灼伤粘膜的可能。激光治疗、冷冻治疗、微波治疗需要治疗医师有高超的技艺，准确地破坏病变组织。一般来讲，外用药物治疗对皮肤黏膜有一定的腐蚀性，同时复发率也相对较高，激光治疗及微波手术是临床上常首选的治疗方法，但对术者要求较高，高水平的医师可以较彻底破坏疣体而减少复发性。
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