红斑狼疮的基本病理变化是结缔组织的黏液性水肿、纤维蛋白样变性和坏死性血管炎，疾病早期为黏液性水肿，纤维蛋白样变性是自身免疫球蛋白、补体和DNA等及纤维蛋白混合构成的嗜酸性无结构物质；中、小血管壁的结缔组织发生纤维蛋白样变性、坏死、血栓形成、出血等病变，形成坏死性血管炎。
受损器官的特征性改变是：①苏木素小体，是细胞核变性固缩形成的嗜酸性团块；②“洋葱皮样”病变，即小动脉周围有显著向心性纤维组织增生，尤以脾脏中央动脉为明显。心、肺、肝、肾、神经系统等器官均可出现上述基本病理变化。心瓣膜的结缔组织反复发生纤维蛋白样变性，可形成赘生物。
肾组织几乎都有病变。表现为弥漫性系膜细胞增生，免疫荧光见系膜有免疫球蛋白和补体沉积；少数肾小球有节段性细胞增生，常伴有纤维素样坏死、系膜和内皮细胞弥漫性增生同时有膜增生性病变，新月体形成，“铁丝圈”病损和苏木素小体，晚期肾小管间质常有炎症、坏死和纤维化病变。
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