临床诊断尖锐湿疣：有流行病学史（多性伴，不安全性行为，或性伴感染史，或有与尖锐湿疣患者密切接触史，或新生儿的母亲为HPV感染者）和尖锐湿疣的临床表现。确诊需同时符合临床诊断病例的要求和实验室检查中的任一项（除涂片检查外)。
尖锐湿疣需要与以下疾病进行鉴别诊断：
1.绒毛状小阴唇又名假性湿疣，好发于青年女性的小阴唇内侧、阴道前庭和尿道口周围，呈对称密集分布的直径1～2mm白色或淡红色小丘疹，表面光滑，有些可呈绒毛状、鱼子状或息肉状。无明显自觉症状，偶有瘙痒。醋酸白试验阴性。
2.阴茎珍珠状丘疹皮疹位于龟头的冠状沟缘部位，可见珍珠状、圆锥状或不规则形的白色、黄白色或肤色丘疹，可为半透明，表面光滑，质较硬，丘疹间彼此互不融合，沿冠状沟规则地排列成一至数行。醋酸白试验阴性。
3.皮脂腺异位症龟头、包皮内或小阴唇等部位可见栗粒大小、孤立而稍隆起、成群或成片的黄白色或淡黄色丘疹，无自觉症状。组织学特征为每个丘疹均由一组小的成熟的皮脂腺小叶组成，小叶包绕皮脂腺导管。醋酸白试验阴性。
4.阴茎系带旁丘疹性纤维瘤为对称发生于阴茎系带两旁的白色或黄白色的粟粒大小的丘疹，单个或数枚，质软，表面光滑，互不融合。根据病史以及醋酸白试验阴性可与尖锐湿疣鉴别。
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