尖锐湿疣的治疗方法很多，但目前尚无根治人乳头瘤病毒的方法，也不能防止其复发。治疗原则以去除疣体为主，尽可能减少和预防复发。
尖锐湿疣易复发可能与病人存在其他性传播疾病感染、人乳头瘤病毒亚临床现象存在及人乳头瘤病毒潜伏感染有关，因而在治疗尖锐湿疣时应全面检查性传播疾病。
发现若有淋病或非淋菌性泌尿生殖器炎症要及时治疗。对性伴进行检查、治疗和随访。治疗和随访期间，应避免性接触。
(1)CO2激光：适应于任何部位的尖锐湿疣、多发性疣及角化疣。
(2)冷冻术：一般采用液氮冷冻。适用于外生殖器疣、肛周疣的疣体不太大或不太广泛的病人。
(3)电灼：用高频电刀或电针烧灼。
适合于外生殖器的单发、体积较小、带蒂或丘疹性疣。
(4)刮除或剪除术：适应于数目少、病损小的疣。
(5)局部外用药物：复方足叶草酯酊、足叶草毒素、1%酞丁胺霜、5%5-氟尿嘧啶软膏、30%～50%三氯醋酸溶液、0.5%疱疹净霜。
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