甲亢可以累及多脏器，也可导致肝功能异常，甲亢患者绝大多数肝功能正常，但也有相当部分患者肝功能异常。研究发现：甲亢导致的肝损害主要病理机制是免疫损害，肝细胞的破坏和自身炎症等造成淤胆，表现为转氨酶升高和胆红素（包括直接和间接胆红素）升高，此时可以不用抗甲状腺药物治疗，因为抗甲状腺药物本身也可以加重肝脏的损害，此时糖皮质激素为首选。
抗甲状腺药物可在肝功能正常后小剂量使用。以前人们一直认为肝损害是甲状腺激素对肝脏的损害造成的，甲状腺激素可直接导致肝损害，亦可能是代谢紊乱导致肝脏对缺氧、感染和毒性物质的耐受力下降所致。但是现在认为免疫损害才是造成甲亢肝损害的首要原因，而甲状腺激素的毒性作用仅占其中一小部分。
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