临床上诊断尖锐湿疣时要慎重，因为男性的阴茎珍珠状丘疹病和女性的假性湿疣容易与尖锐湿疣混淆，其主要区别如下。
(1)疾病的病因不同珍珠状阴茎丘疹病和女性假性湿疣是一种良性皮肤发育不全的状态，生理性变异，在正常人群中有10%的人有此病。
据调查，在处女和没有过性接触的男性中，本病的患病率也很高。本病不是由性接触而感染的，不属于性传播疾病范围。尖锐湿疣，是由于人乳头瘤病毒感染引起的慢性增生性疾病，可通过性接触而感染的，是性传播疾病中的一种。
(2)临床表现不同男性珍珠状阴茎丘疹病的特点，是在沿冠状沟龟头缘处分布的小米粒大小的丘疹。女性假性湿疣是在小阴唇内侧呈对称性的、条索形的指状丘疹，分布稠密，也可呈鱼子状。
本病可无任何不适感，不需治疗，无传染性。尖锐湿疣是在男女的外生殖器处散在的，呈菜花状皮肤疣状物，分布无规律性，无明显瘙痒感，有异味阴道内生长的尖锐湿疣可自行出血，有自身传染性，未经治疗本病可继续发展，其数目越来越多，疣体逐渐增大堵塞阴道口。
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